Desde muy pequeña es una niña destacada por haber aprendido a leer y escribir a los 3 años, logrando escribir su primera loa a los tempranos 8 años. Nacida en la ciudad de Tepetlixpa el 12 de noviembre de 1648, donde vivió hasta los 11 años cuando se mudó junto a su familia a la ciudad de México. Tres años más tarde se convirtió en dama de honor de Leonor Carreto, esposa del virrey Antonio Sebastián de Toledo, admirada por su talento e inteligencia. Apadrinada por los marqueses de Mancera, se destacó en seguida en la corte virreinal de Nueva España.
A pesar de la gloria obtenida a tan temprana edad, en 1667 ingresó en un convento de las carmelitas descalzas de México y permaneció en él cuatro meses hasta que enfermó y debió abandonarlo. Dos años más tarde entró en un convento de la Orden de San Jerónimo, esta vez definitivamente.
Si bien nunca demostró una real vocación religiosa, se sabe que prefirió el convento al matrimonio para poder continuar cultivando su intelecto y evitar la maternidad y otras obligaciones maritales. Ella escribió en uno de sus recordados textos: “Vivir sola... no tener ocupación alguna obligatoria que embarazase la libertad de mi estudio, ni rumor de comunidad que impidiese el sosegado silencio de mis libros”.
En su habitación escribió prosa, teatro, poesía, se destacó por las reuniones con intelectuales de la época y también donde desarrolló diversos inventos científicos, conformó una importante biblioteca y compuso diversas obras musicales.
En 1690, el obispo de Puebla, Manuel Fernández de la Cruz publicó una obra de Sor Juana Inés, la Carta athenagórica, en la que la religiosa hacía una dura crítica al “sermón del Mandato” del jesuita portugués António Vieira sobre las “finezas de Cristo”. El obispo, en contra de que una mujer se animara a realizar una crítica religiosa, agregó a la publicación un texto escrito por él mismo bajo pseudónimo y con el título de “Carta de Sor Filotea de la Cruz”, donde recomendaba a Juana que se dedicara a la vida monástica, y que dejara la reflexión teológica para los hombres.
En respuesta, Juana Inés de la Cruz reivindica a través de una prosa el derecho de las mujeres al aprendizaje y el conocimiento. Sin embargo, y a pesar de la contundencia de su escrito, las críticas del obispo de Puebla la afectaron a un nivel tan profundo que, al poco tiempo, se consagró por completo a la vida religiosa y dejó su pasión por las artes.
A lo largo de su obra, uno de los grandes temas fue el amor verdadero y la integridad del valor y la virtud, todo ello reflejado en una de sus obras maestras, Amor es más laberinto. También destacó a lo largo de sus años de escritura el tratamiento de la mujer como un personaje fuerte, capaz de manejar las voluntades de los personajes circundantes y los hilos del propio destino.
Falleció mientras ayudaba a sus compañeras enfermas durante la epidemia de cólera que asoló México en el año 1695.